首先，生物有机肥施入土层不易过深。因为生物有机肥是依靠其微生物活性来剖析有机质的，其活性在一定的温度、湿度、透气性、有机物质的条件下才华实现。施入太深，会影响生物肥活性。

其次，生物有机肥施用时也不宜与简单化肥混施。简单化肥因其身分简单，且酸碱水平差别，如果大宗施用，势必影响生物有机肥的生物活性。因此，生物有机肥宜单独施用。

另外，生物有机肥穴施更重要，特别是茄果类蔬菜，重茬现象不可制止。纵然补施了一些生物肥、微肥，由于受温度、湿度、透气性、有机质等条件的影响，再加上幼苗根弱的原因，很难快速发挥作用。如果穴施生物有机肥，一方面可快速增进活跃土壤，提高土壤透气性，增进根系快速生长发育；另一方面，可缓解因有机肥腐熟不完全、化肥没剖析形成养分的空缺，实时供应根系养分，给根系一个良好的生长情况，增进团根早形成。